Après des mois d’entraînement au renseignement, au maniement des armes, au sabotage et à la vie clandestine, le voici affecté à l’état-major « Air ». Et c’est Passy qui, le 20 septembre1941, demande son détachement à l’état-major particulier du général de Gaulle, service des missions, section P. Il rejoint ainsi le Bureau central de renseignement et d’action (B.C.R.A.), les services secrets de la France Libre.

C’est là que Jean Moulin le choisira pour être parachuté avec lui et Hervé Monjaret au dessus des Alpilles dans cette fameuse nuit du 1^er au 2 janvier 1942, point de départ de la « mission Rex ». Basé à Lyon, officier de liaison de la France Libre auprès du mouvement Combat, Fassin est désormais « SIF » et va s’entourer d’adjoints qui prendront les pseudos de Sif Prime, Sif bis, Sif 2, et jusqu’à Sif 10. D’autant que Jean Moulin va très vite le charger d’organiser pour toute la zone Sud un Bureau des opérations aériennes et maritimes (B.OA.M.), qui deviendra ensuite Service (S.O.A.M.), puis Centre d’opérations de parachutage et d’atterrissage (C.O.P.A) et enfin Service des atterrissages et parachutages (S.A.P.) - évidemment clandestins et de nuit, le plus souvent à la pleine lune, et faisant appel aux avions « Lysanders » et « Hudson » et aux pilotes de la Royal Air Force (RAF) britannique.

Fin 1942, au moment où les mouvements de la Résistance intérieure s’unissent dans les M.U.R. et où se crée l’Armée secrète, Moulin lui confiera en outre une mission de coordination, en zone Sud toujours, des six régions, nommées de R1 à R6. Au printemps de 1943, Fassin est considéré comme brûlé en zone Sud et Jean Moulin, qui l’appréciait, envisage sérieusement de le faire repartir pour l’Angleterre. Mi-juin, il rejoindra effectivement, par un vol clandestin de nuit, Londres et le B.C.R.A., où il se présentera le… 18 juin 1943.

Là, une seconde mission va lui être confiée - mission « Piquier », pseudos : Barsac puis Comète, FX06, etc… -, qu’il accomplira sous plusieurs fausses identités. Il est reparachuté en France dans la nuit du 15 au16 septembre 43 en tant que Délégué militaire régional « A » (DMR A) pour organiser l’action paramilitaire de la Résistance (dans la perspective du futur Débarquement) dans la région « A » (Nord de la France). Mais le contexte était bien différent de celui de la zone Sud, et plus dangereux encore. Dénoncé par un de ses agents de liaison retourné par la Gestapo, il sera arrêté à Paris le 2 avril 1944 sous le faux nom de Charles Dacier, avec sa compagne Sif 5 (Solange, Carolle), enceinte^[2]. D’abord incarcérés à Fresnes, ils seront transférés et internés le 2 mai 1944 à la prison de Loos-les-Lille (Nord). Le 1^er septembre 1944, Fassin sera déporté en wagon à bestiaux par le « dernier train de Loos », pour arriver d’abord, le 5 septembre, au camp de Sachsenhausen-Oranienburg (matricule 97 648) puis, vers fin octobre 44, à Neuengamme (près de Hambourg). Il mourra - de maladie et de mauvais traitements - au « kommando » de Watenstedt 1/usines Hermann-Goering, le 12 février 1945.

Les états de service officiels lui donnent la qualité de chef de mission de 1^ère classe (grade correspondant: lieutenant-colonel) aux réseaux de la France combattante (FFC) - réseau « Action ». Son acte de décès sera dressé officiellement le 01/08/1946 avec la mention « Mort pour la France », et aujourd’hui celle de « Mort en déportation ». Raymond Fassin a reçu la « King’s medal » britannique en tant que « French Air Force » en date du 9 sept. 1947, et été promu, en août 44 pendant sa détention, sous son pseudo de Jean-René Barsac, au grade de Chevalier de la Légion d’honneur, avec ce texte de citation : « Officier admirable. Après avoir accompli une mission de 18 mois en France, s’est porté Volontaire, bien que recherché par la Gestapo, pour effectuer une nouvelle mission. Depuis septembre 1943, a réussi à mettre en place les plans militaires prévus par le Commandement Interallié, et contribué à l’organisation de la Résistance dans l’une des régions les plus importantes de France, où la densité des troupes allemandes et l’activité de la Gestapo sont particulièrement dangereuses ».