Après l’invasion de la Belgique le 10 mai 1940 et la percée du front français le 13 à Sedan, l’afflux des réfugiés commence et s’amplifie avec l’ordre du Gouvernement du 14 juin, de se replier d’urgence. Jean Moulin dans son journal, rédigé fin 1940, souligne comment cette décision a provoqué la panique et contribué à la fuite des civils. Il n’y a plus de liaison avec le ministère de l’Intérieur. Jean Moulin, dépourvu de tous moyens a décidé cependant de rester à son poste pour montrer aux Allemands qu’il reste une structure administrative et pour aider les civils. Il n’y a plus ni gaz, ni électricité, ni téléphone, ni radio, ni eau.. Il ne reste plus que 800 habitants sur les 23 000 que comptait la ville. Mais un peu plus d'un million de réfugiés affluent sur le département. Le préfet est aidé de l’unique conseiller municipal resté à Chartres, de Mgr Lejards et des soeurs Saint-Paul qui s’élèveront, en ces heures tragiques à la hauteur de leurs plus belles traditions d’héroïsme et de bonté... elles seront les bons anges de notre misère.

Le 17 juin, des Allemands de la 8e division d’infanterie se présentent à la préfecture et conduisent le préfet au quartier général où ils lui intiment l’ordre de signer un document accusant les troupes sénégalaises de l’armée française de massacres sur les populations civiles. Ces accusations fausses de la propagande nazie sont à mettre en relation avec la vive combativité opposée aux Allemands par le 26e régiment de tirailleurs sénégalais à Chartrainvilliers. Le préfet est “ tabassé ” et se tranche la gorge dans la nuit du 17 au 18 juin pour ne pas céder sous les coups comme il l’explique dans son journal : Je ne peux pas être complice de cette monstrueuse machination qui n’a pu être conçue que par des sadiques en délire. Je ne peux pas sanctionner cet outrage à l’armée française et me déshonorer moi-même [..]. La mort ?[..] elle ne me fait pas peur [..] Mon devoir est tout tracé. Les Boches verront qu’un Français aussi est capable de se saborder.. Transporté à l’hôpital et soigné par Sœur Aimé Gesbert, Jean Moulin reprend ses activités fin juin. Dans une lettre prémonitoire à sa mère, il avait écrit le 15 juin, .. Je ne savais pas que c’était si simple de faire son devoir quand on est en danger. Tout est dit : la conscience et le devoir. Son attitude est exceptionnelle dans ce climat d’abandon et de désordre. Ce geste héroïque isolé en fait un pionnier de la Résistance. Il exprime un refus individuel de ne pas céder à l’occupant.

Jean Moulin n’a pas entendu “ l’Appel ” du général de Gaulle. Il reste à son poste pour protéger la population des exactions des troupes et de l’administration allemandes. Le 8 novembre, victime de l’épuration administrative et militaire par le gouvernement de Vichy et qui touche spécialement les hommes de la IIIème République, Jean Moulin est informé de sa révocation datée du 2 novembre 1940. En quittant Chartres, il prend soin de se faire délivrer une carte par la préfecture, au nom de Joseph Mercier, professeur de droit. Cette démarche souligne la détermination de Moulin de poursuivre sa Résistance. Très officiellement, il informe le ministère de l’Intérieur de sa nouvelle adresse à Saint-Andiol.

Il fait de ses anciens adjoints au ministère de l’Air, Pierre Meunier, Robert Chambeiron, en zone nord, et dans le sud Henri Manhès, de précieux soutiens pour rallier à la cause de la Résistance ceux qui ont participé à l’aide clandestine aux Républicains espagnols. En ce début d’année 1941, il effectue de multiples démarches pour obtenir visas et passeport. Convoqué à la cour de justice de Riom pour juger les “ responsables ” de la défaite, le 5 mai, il défend courageusement Pierre Cot, bête noire du gouvernement de Vichy. Il refuse toute accommodation avec Vichy et organise son départ pour Londres.

En 1941, la Résistance a quitté progressivement la sphère de la réaction purement individuelle. Les résistants se regroupent et les noyaux initiaux deviennent des mouvements dont l’action est centrée autour d’un journal pour contrecarrer la propagande du gouvernement de Vichy et celle de l’occupant. En zone nord, la présence de l’occupant rend plus périlleuse l’activité des mouvements nés très tôt : Organisation civile et militaire, Ceux de la Résistance, Ceux de la Libération, Libération-Nord, Front national pour l’indépendance de la France, Défense de la France, La Voix du Nord. Ils n’ont pas ou peu de lien entre eux.

Le préfet Jean Moulin se fait messager des mouvements de zone sud Liberté, Mouvement de Libération nationale, Libération-sud,dont il a rencontré les chefs pour faire connaître leur action et obtenir des moyens de Londres. Il a dès ce moment, conçu son action ultérieure à l’interface des deux résistances intérieure et France libre. Parti de Marseille le 9 septembre 1941, il est resté un mois à Lisbonne où il a rédigé un rapport qui illustre bien son mûrissement sur les questions de la Résistance. Puis il se rend à Londres ne sachant pas en quittant Lisbonne, s’il s’adresserait à La France libre ou aux Anglais. En fait, il se rallie au général de Gaulle, à qui il se présente le 25 octobre 1941, en trait d’union possible entre les deux Résistances.

Venu en messager, il repart comme son représentant personnel pour imposer son autorité à tous ceux qui se battent.